Brutalnie przerwana nauka
Podczas pierwszego roku upragnionych studiów razem z ojcem przeniósł się do Krakowa, do rodzinnego domu zmarłej matki. Pierwsze trzy lata studiów upłynęły Karolowi Wojtyle pod znakiem intensywnej nauki, często chodził także na spotkania grupy literackiej. Od czasu do czasu tworzył własną poezję. Kolejnym ważnym punktem w życiorysie Karola było spotkanie przez niego Jana Tyranowskiego, krawca, którego fascynowała duchowość chrześcijańska, a także mistyka. Prowadził on spotkania dla chłopców, gdzie uczył wiedzy chrześcijańskiej religii. W tym czasie Karol także po raz pierwszy zapoznał się z pismami św. Jana od Krzyża. W 1941 roku choroba pokonała ojca Karola. To był dla niego mocny cios. Rok później wyjeżdżał do Częstochowy, żeby odnowić śluby jasnogórskie. Robił to jako frontowy członek krakowskiej społeczności akademickiej. Tymczasem Niemcy rozsiedli się na dobre w okupowanej przez siebie Polsce. Przez wojnę musiał przerwać studia i pracować w zakładach chemicznych różnych miast. Bardzo przeżywał ten okres, założył więc wojskowo-polityczną katolicką tajną organizacją Unia. W ten sposób, wraz z członkami, pomagali w tajemnicy ochraniać zagrożonych w tamtych czasach Żydów.